החשש העיקרי אשר משפיע יותר מכל על הסביבה בתחום של הנדסה גנטית הוא
שאורגניזמים חיים אשר הונדסו ישפיעו לרעה על אורגניזמים טבעיים. למשל, האבקה של
תירס אשר עבר הנדסה גנטית הינה קטלנית עבור פרפר הדנאית שהוא בסכנת הכחדה כיום.
כמו כן, בהחדרת גנים מצמח אשר מכיל חלבונים, מסתבר כי לצמח שאינו מכיל חלבונים
באמצעות הנדסה גנטית, יש סיכוי שהצמח המהונדס יגרום לאלרגיה בקרב אוכלוסיה מסוימת
כזו או אחרת. גם בסביבת החי ישנן חששות לא מעטים וכן מוצדקים מתהליך של הנדסה
גנטית. הזרקה של הורמון מסוים לפרות כדי שיניבו יותר חלב עלולה לפגוע בבני אדם.
התנגדות לתהליך של הנדסה גנטית
החשש מפני השפעות שליליות של ההנדסה הגנטית הביאו מתנגדים רבים מרחבי
העולם נגד התופעה הזו. תנועות מחאה שקמו בקנדה ובאירופה הפגינו נגד התחום של הנדסה גנטית וגרמו לשינוי בחוק, בו יש לציין על תכשירים ומזונות שעברו הנדסה גנטית את
האותיות GE.
המחאה הגיעה לידי כך כי מדינות רבות לא מאשרות כלל וכלל יבוא של מוצרים לא מסומנים
על פי חוק זה. יתרה מכך, המתנגדים לתהליך של הנדסה גנטית מוחים על כך כי עדיין לא
הוכח מדעית עניין זה.
שימוש של הנדסה גנטית בבני אדם
ישנן מספר דילמות לגבי שימוש של הנדסה גנטית
בבני אדם. חוקרים מסוימים טוענים למשל כי שימוש בהנדסה גנטית יכול להבחין
בתכונותיו של העובר טרם נולד, אך מנגד ההורים יכולים להחליט להפיל את העובד אם
תכונותיו הגנטיות לא מתאימות להם. כלומר, במידה ויגלו כי העובר סובל מליקויי ראייה
או שמיעה טרם לידתו יוכלו הוריו לבחור שלא להביאו לעולם. מעבר לכך, התקדמות בתחום
של הנדסה גנטית יכול להביא לבחירת תכונות הילוד וכך להפחית את הגיוון הגנטי
באוכלוסייה. הדבר יכול לגרום לפערים חברתיים, תרבותיים ואף פוליטיים.
הקשר בין הנדסה גנטית לשיבוט בני אדם
לפיכך, שיבוט באמצעות הנדסה גנטית אסור במדינות העולם מהחשש שיעשה בהם
שימוש של איברים להשתלה וכמו כן מבחינה דתית דבר זה מהווה סכנה לקיום האנושי.